葡萄牙的高等院校分为公立院校和私立院校。无立或私立院校，所设立的课程都得到教育部的承认，所授予的学位等同，所颁发的学位有学士、硕士和博士学位。但是相对私立院校，公立院姐妹互换一家亲校在教育质量保障和学费标准方面具有较大的优势。
从2006年起，葡萄牙开始进入博洛尼亚进程，实现了欧洲高等教育一体化、统一的学分制以及学士、硕士和博士三段式的高等教育体制。本科阶段一般为3年，完成3年的本科学习后继续学习2年可获得硕士学位，完成硕士学位后继续再学习3年可获得博士学位，即3+2+3的模式。法律专业的本科学制为4年。工程类、医学类专业不设学士学位，分别是5年制和6年制的硕士学位。
葡萄牙的高等教育体系为二元系统，即大学教育和理工教育，每个系统都有具体的学科以及不同的办学目的。大学教育可颁发学士、硕士、博士学位，理工教育只颁发学士和硕士学位。