与普鲁士谈判条约时，清朝得知葡萄牙也是“泰西”强国之一。1862年，葡萄牙派其驻澳门总督基马拉士(I.F.Guimaraes)为全权代表前往谈判条约。此时咸丰帝已经去世，奕䜣以议政王、首席军机大臣的名义，与慈禧太后联合执政。在当时中外人士心目中，奕䜣是出名的新派人士。
基马拉士进京的要求，被清朝。法国参赞哥士耆出面相帮，以基马拉士为其客人为名，邀其入住法国公。奕䜣不敢与法国对抗，只能予以默认。6月13日，清廷命总理衙门大臣恒祺、三口通商大臣崇厚与基马拉士进行谈判。此次条约的谈判金字旁的女孩名字极为顺利。中普条约谈判长达4个多月，而中葡谈判仅用了不到两个月的时间。其中法方从中“斡旋”，使得双方的“磨合”速度更快。根据原先的约定，基马拉士作为法国的客人留在，进行谈判，但条约须在天津签订，以示清朝未正式允许葡萄牙人入京。然基马拉士以轮船赶不及为由，要求在首先签订时，奕䜣也让步了。8月9日，恒祺与基马拉士在总理衙门首先在条约上，然后将条约送往天津，13日，崇厚在天津当着基马拉士面，再次在条约上，并填上日期。8月17日，基马拉士乘船离开天津。
中葡条约的谈判之所以如此爽快，是因为葡方答应了清方的核心条件，即公使不长驻。该约第三款：“大西洋国(当时葡萄牙的称谓)总督澳门大臣，均是大君主钦差使臣，如有紧要事件，可以随时进大清国京师，每年不过一次。除现在大清国大允准钦差驻京外，若嗣后再有另准秉权大臣长住京师，大西洋国公使，若遇方便，亦可照行。”
除了“公使驻京”外，这份共有54款的条约，给予葡萄牙相当于中英、中法、中美、中普《天津条约》的全部权益。而奕䜣报告签约经过的奏折，将未载入“公使驻京”当做清朝的一大外交胜利。当时清朝上下，没有人发现，该条约危害了中国对澳门的主权。这份条约签订后清朝互换。