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孙元化（1581～1632）字初阳，号火东，人，是专家。天启举人。从徐光启学西洋火器法，孙承荐为兵部司务，在边筑台制炮，进兵部职方主事，崇祯初为职方郎中，三年以右佥都御史，巡抚登莱，五年叛将孔有德登州，被俘后放归。后遭首辅温体仁等，被冤杀。
孙元化为一代儒将，其祖父孙抬是明给事中孙浚的，居(今)，有子3人。父亲孙继统，致力于诗作，不愿为官，后迁居嘉定九年(1581)，孙元化出生在嘉定县高桥何家弄，后迁居嘉定县城。他“天资异敏，好奇略”，(光绪嘉定县志·人物》)曾到学馆受业。(程嘉燧《寿怀西徐翁序》)明万历四十年（1612）举人，从徐光启学习火器数学，只因热心，未能考中进士，遂放弃科举，潜心研究。
孙元化因徐光启接触到西洋教士和。在徐光启入教后，他确认能“补益王化，左右儒术，救正佛法”后，于天启元年(1621)在入教，即邀请洋教士到家乡嘉定开教，遂使嘉定成为中国活动中心之一。
天启二年（1622），辽省防务吃紧，孙元化向朝廷条呈《备京》、《防边》两策，受到朝廷的重视。出任蓟辽经略，用孙元化筑台制炮主张，筑宁远城，孙主其事。(《明史孙承传》)后经侯震旸保荐从军辽东，协同袁崇焕驻守宁远，对袁崇焕等帮助极大，袁崇焕誉为“识慧两精”。次年，孙助袁崇焕守宁远，天启六年，努尔哈赤率6万大军号称20万猛攻宁远，明军城头共布置有11门大炮，威力惊人，努尔哈赤重伤，七个月后病死，史称“宁远大捷”。事明筑台制炮是抗金最佳方略。
崇祯元年（1628），崇祯接位，诛杀魏忠贤，袁崇焕复出，点名要孙元化襄赞辽省军务。第二年，金兵直犯，多疑的崇祯中了皇太极反间计，冤杀袁崇焕。孙元化在关内关外的困境中，团结将士，借助西洋大炮，驻防的八城、二十四堡屹立不动光绪嘉定县志·人物》)。
孙元化力主以广宁为抗金前沿阵地，逐步向前推进。明廷未采纳其正确主张。崇祯三年一月，孙元化随孙承镇守山海关，三月加山东按察副使，五月破格荐用孙元化升登、莱二州巡抚。孙元化在登州网罗英才，大胆募用西士，组建一支有27名欧人的外籍军团，使登州成为“东陲之堡垒”(方豪交通史》)。后袁崇焕杀毛文龙皮岛旧将哗变，登莱巡抚孙元化接收了皮岛的叛将孔有德耿仲明李九成等人。孔有德被任命为骑兵参将，耿仲明则被派往登州要塞。
崇祯四年（1631）八月，皇太极率清兵攻大凌河（今），祖大寿围于城内，粮尽援绝。孙元化派兵赴援。孙元化抚登时，辽人避战乱居山东者十万余人，孙认为辽人可用，重用了一批辽将，今要赴援辽省，急令孔有德以八百骑赶赴前线增援。然登州辽东兵与山东兵素不和，孔有德抵达吴桥时，因遇大雨春雪，部队给养不足，士兵抢劫哗变。孔有德受毛文龙旧部李九成之子李应元的，在吴桥发动叛乱，史称“吴桥兵变”。后孔有德倒戈杀回山东半岛，连陷临邑陵县商河青城诸城，率兵直趋登州。孙元化急令张焘率辽兵守登州城外，与发兵抗击，两成合击之势。然张焘与孔有德旧识，张焘的兵卒随即投入孔有德行列，而张可大部大败。与孔有德是旧交的登州中军耿仲明、陈光福等，举火开门响应，崇祯五年（1632）一月登州失陷。总兵张可大，孙元化战败自刎未遂，为叛军所俘。中的孙元化对孔有德等叛将晓以利害，明以，孔有德回心转意，请求招安。朝廷也同意孙元化带罪招抚，但巡按纯藏匿了诏书，叛军长时间求招安不得，复乱。孙元化又叛军，让他回朝陈明。孙元化返京之际，纯袭击叛军，乱事扩大。兵变发生后，朝中多言孙元化已反。三月孙元化、余大成等人被逮至京师镇抚司，为余应桂、李梦辰、振飞所，狱中曾遭。至此，孙元化有口难辩，被崇祯以之首判处。首辅周延儒欲免元化，求救于徐光启，终无法。（《明史》卷248）最后余大成、宋光兰、王征等遣戍充军，崇祯五年七月二十三日（1632年9月7日），孙元化与张焘同被处死。孙元化在西市斩首，年仅51岁。
他的冤死一事，被其子孙和斗写进了《国恤家冤录》一书。遗体被儿子和部下迎葬于嘉定南门外的荒圩中，坟前立有一方石碑，“佥都御史孙元化墓”。（宋伯胤《孙元化著述略述》）汤若望曾在孙元化死前乔装成送炭工探望，为其最后告解。 孙元化是天主，圣名依纳爵（Ignacio），一生重视科学，为西洋火炮专家，孙元化之死，代表军事专家派淡出明朝军队。他有三个儿子：孙和鼎、孙和斗、孙和京。孙和斗，屡次谢绝父亲部属的举荐，不愿为官，潜心整理父亲的文稿，编成《水一方人集》。
孙元化短短一生，有两事影响历史。一以炮术报效国家，近则有功辽防，远则有利。二开教嘉定。两事均与教士东来、东渐相关。
孙元化在、明代早期的徒徐光启的影响下，爱教爱，与教士结下深厚情谊。万历四十四年（1616）“南京教案”发生，教士。孙元化像徐光启一样教士，让教士毕方济、费奇规到他嘉定家中避难。1621年，孙元化41岁，在入教。《利玛窦中国札记》赞扬这是徐光启努力的结果，说徐使孙成为“虔诚”的。徐光启第12世裔徐泽神父《中国传教史概论》记：“嘉定孙元化是徐文定公（即徐光启）的门人，由徐公被化。”对入教时的孙元化，著作或说“尚未中举”（《中国史人物传·孙元化》，或说“嘉定进士孙元化”（费赖之《入华会士列传·郭居静》），均误。前者所据《明史》本传，失实，后说是臆断。据1992年《嘉定县志》卷35，孙中举在万历四十年（1612）。后来，孙三考进士未中。同书卷25《明清进士题名录》也无孙名。
孙元化后，即赴杭州杨廷筠家中，邀请洋教士到家乡嘉定传教，于是有教士曾德昭、郭居静赴嘉定开教之事。关于嘉定开教的时间，诸载不一，有四说。
1992年《嘉定县志·总述·大事记》：“天启元年（1621），本县举人孙元化邀意籍传教士曾德昭、郭居静来嘉传教，并捐资在城区拱四图建。嘉定始有。”方豪中国史人物传》记同。
徐泽中国传教史概论》作1622年。不过，又记1621年嘉定有60人，1622年又增加70人，1623年400人，与1622年开教说抵牾。
费赖之《入华会士列传·罗如望》：“（如望）被派往江苏嘉定，曾在此城建筑第一，其后不久避难杭州杨廷筠家中。”据此，嘉定开教应在1616年南京教案发生之前。费同书郭居静传记：“1620年，（居静）又辟于嘉定。”又有1620年之说。
费氏同同事，前后矛盾，又误孙为进士，记载的准确性大有疑问。方豪、徐泽书均记孙入教后“即赴杭州”或“不久南归”。嘉定开教应在孙当年或次年。徐1621、1622、1623年嘉定信徒数，言之凿凿，嘉定开教应在1621年。
当时的名宦邀请教士到家乡开教，始于徐光启。1603年，徐光启在南京受洗。1608年，即邀郭居静到上海开教。李之藻1611年入教，同年即邀郭居静到他家乡杭州开教。孙元化效长，入教后即邀教士到家乡开教。在他之后，瞿式耜叶向高也邀请教士到家乡常熟、福建开教。嘉定是我国最早一批设立的府县。
孙元化为在家乡传教，出资在嘉定城区拱四图建一，名小圣堂，堂址即在孙宅中。孙又在堂侧建房舍十余椽，供曾德昭、郭居静作居处。（《嘉定县续志·》）
由于孙元化的努力，嘉定开教顺利，三年后入教人数达400人。曾司铎寄往西洋的报告书赞美说，嘉定男女老幼，无不热诚，同与弥撒，勤领圣事，乐道，足与欧洲虔诚堂区媲美。（《中国史人物传·孙元化》）《利玛窦中国札记》记，“虔诚”的“依纳爵”（孙教名）“把很多别的人领入教门，虽然他自己忙于做其他的事情。”
嘉定特别之处是附设学校，学校有园林鱼池，地极幽静，是读书的最佳处所，后来成为传教士学习汉语汉字的地方。在此教授、学习汉语的传教士有三人留下姓名，他们是教授汉语的费奇规，学习汉语的邓玉函、傅泛际。（《中国史·人物传》）
嘉定在中国中的地位很重要，“西士等以嘉定立为总堂，为（教士常年）驻足之所”。（圣教社编《传入中国概况》，见文海出版社《近代中国史料丛刊·第五十六辑》）当时，上海虽多，但教士一二年才一至，地位比不上嘉定。
嘉定还因为天启八年（1628）中国界在此召开一次重要的教务会议而大大出名。当时，在华传教士对造物主的中文译名一直沿用传教奠基人利玛窦的译法，称“天”、“天主”、“”。这是我国经典对的敬称。利玛窦把中国“天”的观念说成是中的“造物主”，把宣传的敬天爱人与孔子“仁”的学说相比附，借助译名提出“耶儒合流论”，大大缩短了中国士大夫同洋教的距离，有利于的。“天”、“天主”、“”的译名遂为中国人接受。利氏死后，继任管理中国教务的龙华民反对利氏译名，主张一律采用拉丁文译音，不顾众多传教士和中国奉教士大夫徐光启等人的反对，于1628年在嘉定召议，讨论译名问题。这就是教史中所称的“嘉定会议”。会议还讨论中国教民祭祖祭孔是否有悖。出席嘉定会议的教士人数，记载有小别，辅仁大学校长罗光《教廷与中国使节史》记9人或10人。方豪《中国史人物传·杨廷筠》作11人。1992年《嘉定县志·教·》不载人数，记有与会的8名教士姓名：金尼阁艾儒略高一志、毕方济、曾德昭、费奇观（应作规）、龙华民。康志杰《明末嘉定开教考述》（见《嘉定文化研究》）记出席会议的11名教士的全部姓名，除上述8人外，其余人是视察员李玛诺及阳玛诺、黎勃劳。我国奉教名宦徐光启李之藻杨廷筠、孙元化等列席了会议。讨论结果，华人教民祭祖祭孔沿袭利玛窦旧规，因为利氏认为这是中国人敬祖，并非教偶像。对译名采纳龙氏意见，以后会不许用“天”、“”称呼造物主。龙华民对此决议并不满意，认为“天主”的译名也应禁用，1631年著文重内关于译名的争论。1633年再次，会议否定龙华见，保守利氏传统。“会士对于译名之争，到此告一结束。会中国区区长且龙华民所写的辩论文字，以绝祸根。”（《教廷与中国使节史》）
通过嘉定会议及其前前后后的辩论活动，尊重中国文化传统，契合与中国学说，以学术辅传教的利玛窦传教方针得到重新确认，是中国教民所欢迎的。这是晚明至清初大行于中国的重要原因，也是明末清初东渐掀的重要原因。
嘉定会议前后，孙元化嘉定居宅乐在堂成为在华会重要活动场所，嘉定天主可望有一个美好前景。可是，1632年孙元化冤死，蒸蒸日上的嘉定教务衰落了。可以这样说，明代嘉定因孙元化而开而盛，也因孙死而衰落。不过，由于孙元化开创性贡献，嘉定天主已扎下根基，在孙元化之后，“余音袅袅，不绝如缕。”至清康熙年间，华籍教士吴历能使嘉定复兴，得益于孙元化的流泽余芳。
新航开辟后，殖民以炮舰东方。嘉靖初，明将汪鋐就奏称：“自古兵器未有出其（指火炮）右者，用之御虏守城，最为便利，请颁其式于各地，制造御虏。”（《殊域周咨录》卷9）嘉靖间（1522~1566），明朝造过洋炮，但未重视。到隆庆时（1567~1572），戚继光已叹西炮铸造法失传。
利玛窦等来华传教，也传进了科技，包括大炮。徐光启、李之藻等一批有识之士最早接受，对炮术尤为重视，认为这才是经世致用之学，御敌强国之本，向朝廷购西炮，募西兵，抵御后金。（《徐文定公集》卷3，李之藻《为制胜务须西铳乞敕速取疏》）又提出全新的军事方略：“建敌台以护铳（炮），以铳护城，以城护民，万全之策，莫过于此。”（沈国元两朝从信录》卷6）由于朝中保守人士反对，明廷两次购炮才得14门，招西兵则半途而废。（《崇祯长编》卷34、35）
徐光启为国筹划，难尽心愿，是他的学生孙元化把他的筑台制炮的方略付诸实施，并一度使辽东防务出现大的转机。
孙元化是明末最出色的火炮专家，“所善西洋炮法，盖得之徐光启云。”（《明史》卷248）他还著有我国第一部炮学专著《西洋神机》。他一生以炮术报效国家，1621年条呈《备京》、《防边》二策，向辽省经略王在晋献策“筑台制炮”，与徐光启主张一脉相承，可惜王在晋不用。1622年，孙承经略蓟辽，“筑台制炮，一如元化言。”（同上）孙元化的才能得以施展，参与宁远城的构建与防守。1626年，清太祖努尔哈赤攻宁远，被西洋巨炮击伤而亡。这就是有名的宁远之捷，崇祯帝敕封那门大炮为“安边靖虏镇国大将军”。明朝将领遂对洋炮刮目相看。（《瞿忠宣公集》卷2，《讲求火器疏》）事明已筑台制炮是对付金兵最佳方略。袁崇焕说：“（我）兵不利野战，祗有凭坚城用大炮一策。”（《明史·袁崇焕传》）
1629年，金兵绕道辽省进攻京师，关内关外半年。孙元化在困境中守抚宁，救，复建昌滦州永平遵化，所向皆捷。他驻防的八城、二十四堡屹然不动，很重要的原因是发挥了西洋火炮的威力。（光绪《嘉定县志·人物志·孙元化》）传教士卫匡国《鞑靼战纪》还述及孙与葡兵共守辽东事。
孙元化也铸造过大炮。早在崇祯二年（1622），明廷就命孙元化仿制西洋大炮。次年三月炮成，朝廷封巨炮为“安国全军平辽靖虏将军”，遣官致祭。（方豪《交通史》）孙悉心辽省防务多年，铸造过多少大炮，惜无记载。
崇祯三年（1630），皮岛刘兴治倡乱，徐光启荐举孙元化平叛，上疏说：“速召孙元化、王徵登州。”还募用洋兵，说：“西洋统领公孙的等，宜差官星夜伴送前来。”说他所率25名炮手“可成一营”。又说“兵各异习，将各异心，其间经营联络，剂量分配，齐众若一者，非孙元化不可也。”（《徐光启集》卷6，崇祯四年十月二十一日《钦奉明旨敷陈疏》）徐还推荐“熟谙西器”的郭士奇，“为孙元化赞画，分理经营，成效必速。”（同上，崇祯四年十月二十五日《开送兵部》八条）从中看出，徐光启是多么信赖孙元化，相信他熟谙炮术，必成大事，同时看出徐光启、孙元化对西士的全新眼光。
这年，孙元化受命为登莱巡抚。其时，徐光启筹划招募西兵300，正在赴京途中，由于反对而被遣回澳门。孙元化上疏与卢辩论，并请调西兵至登州。（《崇祯长编》卷43）结果有25名葡萄牙炮手到孙元化麾下服务，其中有统领公沙的西劳和翻译陆若汉，这应是崇祯四年三月己卯后的事，因为陆若汉完成应募的西兵回澳门任务，回到，于此日上《差竣复命疏》。（同上卷44）
在登抚孙元化的努力下，我国一批懂炮术的专家云集登州，其中有《远西奇器图说》作者王徵，任山东，监辽海军务。还有《西洋火攻图说》作者张涛，任中军副将，登莱副总兵。方豪交通史》记，葡人“陆若汉、公沙的西劳诸人参孙元化幕”，“中国士大夫之信者，亦多投孙元化。”因此，登莱巡抚孙元化的驻节地登州成为“东陲之堡垒”。
孙元化任登抚在崇祯三年六月刘兴治作乱之后，至五年正月登州被叛军孔有德攻占，期间不足一年半，就在登州创建一支可观的西炮兵团，毛荆石《平叛记》卷上记：“贼破登州，是时尚有红夷火炮二十余位，西洋炮三百余位。”这么多炮不可能是进口的，因为据史籍记载，明廷派人到澳门购炮只有两次，1621年购4门，1629年10门，均用于、辽省防务，登州之炮应是孙元化研制的。崇祯四年（1631）八月十九日，孙元化给兵部的报告说，当年四月十五日有造铳（炮）匠、放铳师53员到达登州。（《明清史料》乙编第一本，崇祯四年八月兵部《题行稿薄》）登州成为当时研制火炮的中心。
孙元化苦心经营，铸造新式火炮，前程本是的，或许还会对中国历史产生大的影响，无奈吴桥兵变登州失守，一切努力，付诸东流。
登州失守，西炮落到孔有德叛军手中，用来攻打莱州。《平叛记》记，崇祯五年（1632）二月十二日，“贼驾牛车运（登州）红夷大炮七八位入营，每位用牛四头，皆重二三千斤也。”大炮轰城，城墙多颓圮，中炮身亡，足见炮的威力很大。（《明史》卷248《徐从治传》、卷276《朱大典传》）
崇祯六年（1633）二月，明军收复登州，孙有德、耿仲明从海逃走，投降后金，一定携西炮以博取新主欢心。孙元化造大炮抗金，结果却成后金向明的利器。
明朝，一般人对西都有戒心，对“跃马持刀，弯弓挟矢于帝都”的西兵更是疑惧，甚至。其实，用西炮募西兵，并非坏事，宁远之役西炮的作用是有目共睹的。西炮的引进还有深远的意义，因为“它将使整个作战方法发生变革”。（恩格斯《反杜林论》）只徐光启、孙元化之后，我国再也无人对西炮作深入研究，错失奋起赶上的第一次机遇。
国人对西人西兵的疑惧并没有根据，历史却留下中国人与西人合作的范例，徐光启与利玛窦合译《几何原本》，孙元化在传教士帮助下著《西洋神机》，都是明证。西兵为我所用也有实例，孙元化麾下27名西兵助守登州，都恪尽职守，其中12人阵亡，包括统领公沙的西劳，受伤脱险的15人，没有一人降敌。崇祯五年（1632）四月，兵部尚书熊明遇上疏为公沙的西劳等15人请恤，是对西兵客观的评价。（《崇祯长编》卷58）
费赖之《入华耶酥会士列传·陆若汉》记登州之役，西士幸逃性命者，仅陆若汉与其他葡籍3人。方豪交通史》认为，此记“与熊明遇疏不合，疑熊疏为得其实，而若汉之为明廷重视，优礼南还，则与教中记述固无出入也。”
雇佣军是国外舞台活跃的一支力量，我国明清两朝只有孙元化麾下一支。中国人从来是疑，畏，孙元化却信，用，也乐为所用，矢志，死而后已，足见孙元化的眼光、胆识和才干。
孙元化任登莱巡抚时，还做了件有利于西炮的事，值得一述。崇祯三年七月，朝鲜使臣郑斗源一行39人，由海经登州去，于次年六月由原返国。郑斗源在登州时，与葡人翻译陆若汉酬酢往返，有所投赠，陆赠郑千里镜、西炮自鸣钟等西器，郑进献给本国国君仁祖，并答奏仁祖，说西国将士乐为孙元化效力，又称孙“清俭疏雅，虽威武不足，可谓东门得人矣。”还称陆若汉“似是得道之人”。（朝鲜《李朝实录·仁祖大王实录》卷23、24；《崇祯长编》卷39，三年十月辛酉条）朝鲜还保存《西洋国陆若汉答李荣后书》，李荣后是使臣郑斗源的译官。陆在信中说：“敝国之人喜远游，得至明国，向蒙隆遇，献以火器，少尽报效之忱，来到东牟登州），幸逢贤达，聊以所译书籍奉览，讵意鉴赏若是耶！”从朝鲜人士记载可知，孙元化崇尚，礼待西士，人品极佳，与西人相处极好。
明代，传教士来华，除外，客观上还充任文化使者的职能，传华出现第一次。这与被称为明代三柱石的徐光启李之藻杨廷筠和孙元化等人密切相关。1632年，孙元化被杀，同时的还有、西炮专家张涛，另一专家王徵被罢官流放。方豪叹息：登州这座“东陲之堡垒于焉解体矣”。（《交通史》）不久，徐光启、李之藻、杨廷筠去世，的和教务严重受挫，以西炮为例，再也无人通晓。当时人已感受到这一点，留下十分惋惜的记录。明末，瞿式耜《讲求火器疏》说：
臣考万历四十七年奉旨训练、遣使购求而得西洋所进大炮四门者，今礼部右待郎徐光启也；天启元年征广东，取得红夷火炮二十三门者，南京太卜寺少卿今丁忧阙李之藻也；深明台铳事宜，赞画关门建台置统者，今起升兵部武选司员外郎孙元化也。天启六年七月，宁远守城，歼敌一万七千余人，后敕封为“安边靖虏镇国大将军”者，此正西洋所进四位中之第二位也，却敌固圉，明效已见，乃迩来东面骚动而绝无讲及于此者，则以用器之人不在故也。（《瞿忠宣公集》卷2）
孙元化“绝世聪明，于古今远近之书无不读”（《中国史人物传·孙元化》），成为学贯的大学者，尤以见长，著作甚丰，大多与有关，今分类考订如下：
光绪《嘉定县志·艺文志·经部》存目，并有陆元辅对此书的赞语，说《周礼》仪礼三百篇，经本书类编后，明白易晓。
万历三十四年（1606），徐光启与利玛窦合译《几何原本》，孙元化随徐“于每日三四时到利寓所”，参与其事（裴化行《利玛窦传》），对几何学有独到的见解。万历三十六年（1608），徐光启《几何原本》问世，孙元化则著有《几何用法》一卷，《宝山县志·艺文志》存目。丰顺氏《持静斋书目·子部·天文算学类》收此书。上海东方图书馆藏有孙元化《几何用法》抄本一册，凡48页，前有自序：
子先师受几何于利西泰，自丙年（万历34年，1606年）始也。……戊申（万历36年，1608年），纂辑《用法》，别为一编，以便类考。……十余年无有问者，稍示究心，则借钞《用法》止矣。……庚申（泰昌元年，1620年），武水钱御冰先生忘年势而下询，当暑孜孜，似欲为此书拂尘蠹者，而余检箧中原草，已乌有。聊复追而志之……竟不能尽忆，尚冀异日者，幸遇友人钞本借从补之。
从序言可知，东方馆藏本不是孙的原稿，也不是原稿的传抄本，而是作者1620年应人之需，回忆重编的一个节本。
丰顺丁氏《持静斋书目·子部·天文算学类》收此书，卷后有“庆余心斋”诸印，并有题记：“道光己酉（1849）春，乌程庆余校读一过。”又有“庆余畴人子弟”诸印。方豪《中国史人物传·孙元化》认为，“两本书是曾经同一个人收藏的。”
曾远荣《中国算学书目汇编增补》存目，编号10.20。1992年《嘉定县志·传略·孙元化》作《太西算要》。是书有自序，记万历34年初涉几何，“因旁及历法、算术诸书，盖入门而趾不自持也”，既而“手辑历算种种”。后被人借抄久失。万历48年（1620），孙“检最难忆者亟先之，穷两日夜，首得算法”，并“增加倍计法”一节。天启5年（1625），又增补而成此书。像《几何用法》一样，此书是对失传著作的一个追忆节本。
孙元化对几何学造诣极深，徐光启撰《勾股义》，得他之力，删定“十五条”。徐在此书《序》中说得很清楚：
门人孙初阳（孙元化字）氏删为十五条，稍简明矣。余因各为论撰其义，使夫精于数学者揽图诵说，庶或为之解颐。
光绪《嘉定县志·艺文志·子部》存目，且附有简要说明：“首论铸炮，首论制药，后论命中之由，并绘图式，是书得之西人，大要根于算法。”1992年《嘉定县志·传略·孙元化》记他“学习技术，精通火器，著有《神机法要》，介绍大炮的制法和用法等。”此《神机法要》当即光绪县志中的《神机》，书名当以前志为是。
《神机》、《经武全书》是我国最早介绍西洋火器、战术的军事著作，可惜未能引起朝廷重视，依法研制火炮，朝廷还冤杀这位绝无仅有的英才。孙后，再也无人懂炮学，更不用说著书立说了。清康熙帝要造炮，还得仰仗。帮助康熙造炮的传教士南怀仁著造炮书《神武图说》，比孙元化晚四、五十年。
孙元化襄赞辽省军务，出任登莱巡抚，为辽事筹划奔走，所著《辽言》是这一时期的奏疏、公文的汇编，《宝山县志·艺文志》存目。孙元化与王徵论交始末一文记“《辽稿》一册，附西铎为问，他无言也。”所记《辽稿》当即《宝山县志》所载《辽言》，书稿征询过西洋教士意见，西铎“无言”，当持相似看法。
光绪《嘉定县志·艺文志·史部》存目，录有徐时勉作的序言，言及成书原委。说元化“殁后，子和鼎、和斗搜集散逸（文字），发明当日成败利钝，朝臣边臣掣肘误国之故，于辽事独详，而公之竭志毕命于辽事者，赤若烛照。”所收“皆奏疏、书启、公文，所言皆军政边情。”因孙元化别号“水一方人”，所以其文集作《水一方人集》，后人称此书为《孙中丞集》或《孙中丞遗集》，可惜已佚失。
方豪交通史》记，《水一方人集》有黄汝成序，说“所存者赞辽稿略，宁远及扶登奏讲数册而已。”说是据《嘉定县志·艺文志·史类》。查光绪《嘉定县志·艺文志·史类》，只记徐时勉序，而无黄汝成序，录此存疑，待考。
天启二年（1622），孙元化上《备京》、《防边》二策，受到同县人吏科的赏识，侯荐举孙元化，孙承要他襄赞军务。二策是孙元化成名之作。
孙元化主张“富国必从正本，强国必以正兵”。所以，他曾上疏请求固本，加强农业。又解救副都御史杨涟，杨因魏忠贤24大而，孙因此获罪，而被罢官。他关心国政民瘼，忠直无畏，由此可知。
崇祯初年，思诛魏忠贤，朝政一新，孙元化复出，即上奏兵政十二梦见屎沾身事。（光绪《嘉定县志·人物志》）
崇祯三年，孙元化上疏建言官军进驻广宁为根据地，渐次推进，恢复辽省，可惜未被朝廷采纳。（同上）
同年，礼科上疏反对徐光启招募西兵、北上抗金的主张，孙元化支持徐光启，上疏力争，并请调西兵至登州。四年二月，卢又孙元化。孙疏文已不可得，其要旨可从卢奏疏中知之。（《崇祯长编》卷43）
孙元化有一篇与王徵论交谊的小文留传下来。崇祯五年，孙元化被打入死牢，前数日，幕僚王徵到死牢探望，请他在丝带上题字。此王徵与孙是，一样精通西器，又同怀报国之志。孙出任登莱巡抚，王放弃朝廷的不做，应孙之邀，到登州共事，结果同遇不幸，孙死刑，王罢官谪戍。孙在死牢见到至交，不胜感慨，乃书交谊始末，最后叹息：“不意一片痴肠，终成大梦，潦倒诏狱，卧废已死。”此文写得情真意切，感人肺腑，得以流传。杜文凯《清代西人录》收录此文，上海图书馆古籍部有杜书。方豪曾为此文注释，发表在《真理》一卷二期。
孙元化还为传教士高一志《则圣十篇》作序。据方豪《中国史人物传》，知《则圣十篇》是部宣传教义的书，天启六年（1626）后刻于福州，确年不详。
来华意大利传教士毕方济著《睡答》、《画答》，亦称《睡画二答》，上海徐家汇藏书楼藏本署：“西海毕方济著，云间孙元化订。”此书经孙元化编订，出版刻于崇祯二年（1629）。（《中国史人物传·毕方济》）
研究孙元化生平，其籍贯不可不辩，因为诸家说法不一，共有四说。一作嘉定人（《明史》），一作云间松江）人（《睡答》、《画答》），一作宝山人（《中国史人物传》），一作川沙人（《嘉定古今·民族英雄孙元化》）。之所以众说纷纭，是因为孙的出生地高桥镇历史上曾属嘉定、宝山、上海、川沙县。因为上海县属松江府，上海县人孙元化自然就是松江（云间）人了。历史上高桥属县一变，孙元化籍贯也一变。照此说法，今高桥属上海浦东新区，孙元化籍贯应改作上海市浦东新区。虽说这些说法并非毫无道理，只是读者难明其中原委，会引起疑问。史家撰史，应尊重历史，历史人物的籍贯只能以其出生地当时的属县来定，孙元化籍贯应依《明史》，作嘉定人。
孙元化“从军辽东，经营登莱，汰冗兵，省辽饷，安抚流民，雇用西士，勤勤恳恳，竟图恢复大业”，（宋伯胤《孙元化著述略述》）无奈偶一失慎，为人所误，致生兵变，招抚不成，登州失守，不轻。崇祯若是知人爱才，眼光远大应、徐光启意见，免他一死，让他带罪任事，发挥一技之长，近则有利辽东防务，远则将开创东传新局面。无奈崇祯眼光短浅，英才，铸成大错。俗话说：“千军易得，一将难求。”对于绝无仅有的专门人才、国宝级人物，是不是可以说：“十将可得，一家难求呢？”尊重知识，尊重人才，特别是尊重爱护科技英才，关系到国家盛衰，杀孙元化留给后人的教训，实在是太深刻了！
明末的辽东可以说发生了很多历史事件，有毛文龙被杀的争议，也有袁崇焕通敌的传说，更有洪承畴被色诱投降的花边新闻，这些都已经成为历史，最后清朝入主中原，统一了中国。当然不是说清朝不好，至少在开疆拓土方面清朝是有贡献的。其实，在明末与后金也就是后来的清斗争方面，明朝还是涌现了很多...